Pada 30 September 2011, al-Awlaki ditembak mati di bandar Khashef, Kegabenoran Al Jawf, Yaman ketika dalam perjalanan menaiki kereta di sebuah jalan raya. Pekan itu kira-kira 87 km di timur Sana'a. Tentera Amerika Syarikat menggunakan peluru berpandu AGM-114 Hellfire ke aras kereta yang hendak menuju ke Ma'rib jam 9.55 pagi waktu tempatan pada hari Jumaat 30 September 2011. Serangan itu direstui oleh Presiden Amerika Syarikat Barack Obama. Turut terbunuh ialah Samir Khan rakyat Amerika yang lahir di Arab Saudi yang tinggal di Carolina Utara. Ibrahim al-Asiri yang turut menumpang di dalam kereta itu turut terbunuh. Samir Khan merupakan editor majalah al-Qaeda berbasa Inggeris - 'Inspire'. Ibrahim bijak membuat bom dan dikaitkan dengan bom seluar dalam dari Nigeria yang hendak meletupkan penerbangan dari Detroit semasa Hari Krismas 2009.[14][15]

Bantahan

Ron Paul dari Kesatuan Kebebasan Sivil Amerika di Hampshire mengutuk pembunuhan Anwar al-Awlaki kerana tidak pernah disabitkan dengan apa-apa jenayah. Tidak ada sesiapa yang tahu dia telah membunuh sesiapa. Ron Paul adalah ahli parlimen Texas - parti Republikan. Pembunuhan itu merupakan pelanggaran undang-undang Amerika Syarikat dan antarabangsa. Presiden AS tidak mempunyai kuasa untuk membunuh rakyatnya tanpa sebarang bukti kukuh.[16]

Negara Yaman merupakan negara Arab yang paling miskin, menjadi syurga bagi beratus-ratus militan al-Qaeda. Beberapa bulan kebelakangan ini, militan merampas kuasa di beberapa kota di Yaman Selatan. Amerika mengambil kesempatan ini untuk mengukuhkan kedudukan mereka. Beliau dibunuh beberapa bulan selepas Osama bin Laden dibunuh di Abbotabad, Pakistan.